あけさママさん、こんにちは。
返事が遅れてすみません。

放射線治療の影響で結膜炎の薬の効果が出ないというのは分かりません。
眼科の先生に聞いてみてはいかがでしょうか？。

放射線治療はとても強い治療だと聞きます。病院によっては、２次がんの
発生する可能性も考えて、最後の段階でやられるところもあるそうです。
眼球に与えるダメージというのは、やはり大きいのではないでしょうか。
いろいろな治療をやってきましたが、放射線治療に限らず、どの治療も
眼球へのダメージが大きいというイメージがあります。治療効果が高いが
正常な細胞に与えるダメージも大きいという感じでしょうか。
私は医師ではないので正確なところは分かりませんが、自分の子供の目を
見てきて、そんな印象を受けています。